В 1789-1791 гг. по проекту архитектора И.В.Неелова напротив дворцовой церкви был построен 4-х этажный флигель, соединенный с дворцом монументальной аркой, перекинутой через улицу. Новый флигель предназначался для дочери Павла I. В 1811 г. архитектором В.П.Стасовым флигель был перепланирован для вновь созданного Царскосельского лицея - привилегированного закрытого высшего учебного заведения, где готовили чиновников высокого ранга для службы в различных министерствах.
    В стенах Царскосельского лицея с 1811 по 1817 гг. воспитывался А.С.Пушкин. Здесь состоялось его первое публичное выступление. На лицейском экзамене 8 января 1815 г. в присутствии поэта Г.Д.Державина юный Пушкин читал «Воспоминания в Царском Селе».
    Блистательным называли современники первый выпуск Лицея, который состоялся 9 июня 1817 г. Имена первых выпускников Лицея - А.С.Пушкин, декабристы И.И.Пущин, В.К.Кюхельбекер, В.Д.Вольховский, мореплаватель и историограф русского флота Ф.Ф.Матюшкин, поэт А.А.Дельвиг, дипломат А.М.Горчаков, композитор М.Л.Яковлев - широко известны.
    Сейчас в стенах лицея Пн, Ср-Вс 10:30-16:30 работает постоянная выставка «Императорский лицей. Наставники и питомцы». По архивным документам и воспоминаниям лицеистов воссоздан интерьер того времени. Возможен предварительный заказ групповых экскурсий. Организуются также временные выставки из фондов музея.